Sendo a segunda paróquia da história da cidade de Joinville, foi criada em 21 de dezembro de 1916, pelo então Bispo da Diocese de Florianópolis Dom Joaquim Domingues de Oliveira (desde 1908, todo o Estado de Santa Catarina pertencia a Diocese de Florianópolis. A Diocese de Joinville foi criada em 1927). Inicialmente, a paróquia era atendida pelo clero diocesano, na pessoa do Padre José Sundrup (mais tarde Monsenhor).
A Congregação dos Padres do Sagrado Coração de Jesus assumiu os cuidados pastorais no dia 4 de maio de 1917. O primeiro pároco dehoniano foi o Padre Augusto Weicherding, SCJ, que esteve a frente da paróquia por 37 anos.
Como nos primórdios havia uma provisória Matriz, Padre Augusto empenhou-se na construção de uma nova Igreja Matriz Sagrado Coração de Jesus. A bênção de inauguração dessa ocorreu no dia 1º de janeiro de 1919. Com o passar dos anos, novas ampliações foram realizadas no referido templo, bem como várias reformas, até a comemoração solene do primeiro centenário de criação da paróquia, no dia 21 de dezembro de 2016. A Paróquia Sagrado Coração de Jesus, de Joinville, foi elevada ao título de Santuário no dia 30 de junho de 2000.
Ao longo dos anos, várias comunidades pertencentes à Paróquia/Santuário Sagrado Coração de Jesus foram desmembradas e elevadas, canonicamente, em novas paróquias. São elas: Paróquia São José Operário/Anita Garibaldi (criada em 1971), Paróquia Cristo Ressuscitado/Floresta (criada em 1975), Paróquia Nossa Senhora de Fátima/Itaum (criada em 1983), Paróquia São João Batista/Fátima (criada em 2000), Paróquia Santa Luzia/Paranaguamirim (criada em 2014), Paróquia São Judas Tadeu/Itaum (criada em 2014), Paróquia Divino Espírito Santo/Petrópolis (criada em 2014), Paróquia Nossa Senhora do Rosário/Guanabara (criada em 2014) e Paróquia Nossa Senhora Aparecida/Km4 (criada em 2023).
